Chlórovanie vody sa používa ako osvedčený spôsob dezinfekcie úžitkovej (napr. bazény), ako aj pitnej vody. Ide teda o odstránenie potenciálne choroboplodných mikroorganizmov z vody používanej na kúpanie a hlavne pitie. Obsah voľného chlóru v pitnej vode je obmedzený Nariadením vlády SR č. 354/2006 Z.z. V bežných koncentráciách vo vode je chlór sám o sebe neškodnou látkou, ak si odmyslíme dráždenia slizníc. Problémom je jeho vysoká reaktívnosť. Podieľa sa totiž na vzniku rôznych vedľajších produktov chlórovania, ktorých toxicita (až karcinogénnosť a genotoxicita) bola viackrát dokázaná. V tomto kontexte sa spomínajú napr. organické chloramíny, vznikajúce reakciou chlóru s organickým dusíkom prítomným vo vode. Ďalej sú to trihalometány, ktoré sú zdravie ohrozujúcim produktom napríklad aj bežných dezinfekčných aktivít našich gazdiniek v domácnostiach, ktoré vdychujeme alebo sa do organizmu dostávajú vdychovaním cez sliznice a cez kožu a sliznice pri kúpaní. Môžu sa vyskytovať aj v chlórovanej pitnej vode vznikajúc reakciou s organickým materiálom prítomným vo vodovodných potrubiach. Čiže jednostranné pitie chlórovanej vody môže (ale spravidla nemusí) mať vážny dlhodobý negatívny vplyv na naše zdravie.

Na druhej strane, pitie nedezinfikovanej vody z „prírodných“ zdrojov so sebou nesie potenciálne riziko akútnej infekcie mikroorganizmami, ktorých pôvod a reálna hrozba pre zdravie človeka nemusia byť dostatočne známe. Treba si uvedomiť, že niektoré mikroorganizmy majú schopnosť prežiť v extrémnych podmienkach v porovnaní s ľudským životom neuveriteľne dlhé obdobie. Voda z topiacich sa ľadovcov musí byť pravidelne sledovaná na prítomnosť mikroorganizmov. Globálne otepľovanie spôsobujúce topenie sa ľadovcov spôsobuje aj topenie sa permafrostu (dlhodobo zamrznutej pôdy), ktorý môže tvoriť ľadovcové podložie, alebo s ním majú odtekajúce vody kontakt. Samotný ľad aj permafrost tak môžu byť zdrojom mikroorganizmov, na ktoré náš imunitný systém nemusí byť adaptovaný. Preto je dôležité pitie prírodnej vody z overených zdrojov.